Valiliğimiz ve İl Milli Eğitim Müdürlüğümüzün direktifleri doğrultusunda 2011-2012 Eğitim Öğretim Yılında Çiçekdağı İmam-Hatip Ortaokulu adı ile 22 öğrenciyle tek şube olarak açılmıştır.Kendimize ait okul binamız olmaması sebebi ile ilçemizin Yeni Mahallesinde bulunan Öğretmen Turgut Yılmaz İlkokulu'nun bir katında 5 eğitim öğretime devam edilmiştir.
2017 yılında okulumuz şu an içerisinde bulunduğumuz 24 derslikli kendi binasına taşınmıştır.
Okulumuzun ismi Kırşehir Valiiğinin oluru ile Çiçekdağı Şehit Serkan Göker İmam-Hatip Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.